Creo que la manera más común es, '¿Cómo?' También se dice '¿Qué?' pero en un contexto más informal. De hecho puede sonar un poco maleducado dependiendo del contexto. '¿Perdón?' o '¿Disculpa?' (O sus formas de usted- 'perdone', 'disculpe') son otras opciones pero un tanto formales.

¿cómo? ¿Qué? ¿Perdón?