i think the difference is that, when using naraimasu, there has to be someone teaching it to you. E.g.: Sensei ni naratte moraimasu... On the other hand, benkyoushimasu is more used oftenly and can be used in situations when you learn something by yourself, together with a friend, etc..

勉強とはもともと勉めて強いるという言葉からできた言葉で、何か嫌なことを努力するという意味合いがもともとはあったようです。 ''勉強します '' means that you spent some times to study something which you hate. Ex: I 勉強します English for next exam. それに対し、習うというのはそれに限りません。同時に身につけるというニュアンスもあり 英語のlearn にあたると考えられます。 I 習いますJapanese culture for next traveling to Japan.