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"Encima de" y "sobre" significan lo mismo y se pueden usar exactamente igual: el libro está encima de la mesa. El libro está sobre la mesa. (The book is ON the table) "Arriba de" significa que algo está en una parte más alta que otro objeto. Por ejemplo, tenemos un mueble con varios cajones. En el cajón de abajo están los calcetines; en el cajón intermedio, los pañuelos y en el cajón de arriba están las corbatas. Por lo tanto, arriba de los calcetines están los pañuelos, y arriba de los pañuelos están las corbatas. En inglés se traduciría como "above" o también "at the top".

It's the same thing but It is more commun say for example: "Tu comida esta en la mesa" this means your food is on the table, now, if you want to be more specific you can say " tu comida esta sobre la mesa" or "tu comida esta encima de la mesa", but if want to say for example: "El libro esta en la caja" in this case you might say: "el libro esta encima de la caja" if the book is on the box, but if the book is in the box you might say "el libro esta dentro de la caja"