La diferencia podría resumirse en el contexto en el que se utiliza. Respecto al uso que yo hago de ambas expresiones (que puede variar del uso que puedan hacer otras personas) utilizo "parece ser que..." para tomar cierta distancia con la opinión, recelo e, incluso, desacuerdo.
- "Parece ser que las cosas son así ahora". En este caso, muestro un poco de desacuerdo con que las cosas hayan cambiado.
- "Parece que las cosas son así ahora". En este caso, asumo los cambios con normalidad.
Saludos y espero haberte ayudado un poquito.