The first question "¿Entiende la lección?" is formal and the second question ¿Entiendes la lección? is informal.

La primera es una pregunta dirigida a una tercera persona, el o ella. La segunda es una pregunta dirigida a una segunda persona. En Peru la primera y segunda tienen los mismos significados sin embargo la segunda pregunta, en los pueblos tiene una connotación diferente, tiene una significado de reclamo o de imposición. Es como decir, una pregunta amenazante. Algunos profesores utilizan esa pregunta (la segunda) para sancionar porque si te preguntan y no respondes te caerá un castigo o sanción.

Dear Kennedy! "Entiende la lección" podría llegar a sonar un poco distante, en cambio "Entiendes la lección" suena más cercano. Es cuestión de que tan cercano o amistosa quieras sonar.