"...più di quanto costasse una settimana fa " è una proposizione ( frase) comparativa. C'è , infatti un confronto tra i prezzi attuali e quelli della settimana precedente. Si tratta di una comparativa di maggioranza ( la proposizione comparativa può essere anche di minoranza e di uguaglianza).
I modi del verbo nelle comparative di maggioranza e di minoranza sono di solito l'indicativo o il congiuntivo
Es. -La situazione è più complessa di quanto pensassi
-La situazione è più complessa di quanto pensavo
-Era più furbo di quanto immaginasse
- Era più furbo di quanto immaginava
- E' più facile di quanto abbia immaginato
-E' più facile di quanto immaginavo
Nella frase da te riportata
".....abbiamo scoperto che ogni cosa costava più di quanto costasse due settimane fa"
viene usato il congiuntivo , anche perché non si può ripetere" costava"( modo indicativo) che si trova nella frase precedente.