「丸い」が総称でしょう。　「円い」は丸い（カーブのある）物体の輪郭を意識していると思います。　前方後円墳、円筒など、立体でも丸い部分の輪郭に注目しています。

一般的には「円い・・・平面のまるい形」「丸い・・・立体のまるい形」で正しいと思います。 ただし、「平面のまるい形」の事を「丸い」と言うこともあるためはっきりと違いがあるわけではありません。 逆に「立体のまるい形」の事を「円い」と言うことはほぼ無いと思います。