Kazuhiko Harada　さんの説明がありましたけど、自分の意見を書いて見ます。 例文）確信はない 　　　これは「確かだとはいえない」と言う意味でしょ？　 　　　ここでは「確かでない」との事実に。。。 　　「でも何か言いたいことがある」という話者のここるが加えています。 例文）厚くはない。 　　　これは「厚くない。。。でも。。。。」ですようね。 質問にもどれは 十分な分析が行われては来なかった ここでは「十分な分析が行われて来なかった」に何か話者の「　感じ」が含まれています。 十分な分析が行われてこなかった。。。（しかし何か。。。話したいことがある） これから　話者は何か「分析にからむ事」を話しそうです。 情けない実力でしゃべってみました。 了解してください。

「現在まで十分な分析が行われて来なかった」という文章も実際によく使われます。 あえて「は」を使うのは、「行われて来なかったこと」を強調する役割を果たしています。

繰り返すことを表示します。「ては」は接続助詞「て」と提示助詞「は」との重複で、同一主体の動作の繰り返し、またはある現象の繰り返して出ることを表示します。