Hola, lo único que cambia es el modo que utilizas el verbo. Podrías utilizar la primer expresión "yo comía cuando" para referirte a algo que sucedió hace mucho tiempo, por ejemplo: Yo comía mucho cuando era niño. En cambio "Yo estaba comiendo carne antes de que vinieras" puede ser reciente. Sin embargo ambos son correctos.
Espero que te sirva mi explicación.