Cuando hay algo que nos parece sospechoso o que nos llama la atención decimos " me hace ruido" una determinada situación, significa que es algo que te causa duda, algo que no te convence por completo.
En este caso dice: "Hay algo que me chirría en todo esto" Chirria es un sonido desagradable. Debe ser igual que decir " Esto me hace ruido". En esta lectura quiere decir que hay una duda sobre lo que sucedió, que hay algo que sucedió la cual no tiene lógica, ya que la lectura dice: Hay algo que me chirría en todo esto--reflexionó Dast. --Él no suele hacer daño a nadie.