Jumpei, нет, нет проблем с фразой (1):) "Не" можно ставить в разные места. Я думал, ты не японец. ----- I thought that you are not Japanese. Я не думал, что ты японец. ---- I didn't think that you are Japanese. Не я думал, что ты японец. ---- The guy who thought that you are Japanese is not me. - Ты думал, что я японец. - Нет. Я думал не что ты японец, а что ты кореец. --- I didn't think "you are Japanese", I thought "you are Korean". Я думал, не ты японец. ---- Я думал японец не ты. ---- I thought that THE Japanase person is not you, but someone else.

Попробую подставить в эти формулы конкретные примеры. 1. Я думал, что русский язык (A) не сложный (B). 2. Я не думал, что русский язык (A) сложный (B). Оба эти предложения выражают один и тот же смысл, можешь использовать любую "формулу". Другой пример: 1. Я думал, что учёба в университете (A) не станет для меня таким большим испытанием (B). 2. Я не думал, что учёба в университете (A) станет для меня таким большим испытанием (B). Во втором примере смысл также не меняется от выбора той или иной "формулы". Ну и ещё какой-нибудь пример: 1. Я думал, что есть перед сном (A) не вредно (B). 2. Я не думал, что есть перед сном (A) вредно (B). В общем, я бы сказал, что в первом случае присутствует лёгкий оттенок, демонстрирующий собеседнику то, что под влиянием новых фактов, касающихся того или иного вопроса или явления, твоё отношение к нему изменилось, то есть прежде ты считал иначе и, по всей видимости, оказался не прав. Тогда как второй пример больше показывает то, как по мне, что какой-то вопрос или явление возникло перед тобой спонтанно и прежде ты не имел возможности выработать своё отношение к нему.