Il sostantivo /mensa/ indicava (latino) la tavola apparecchiata (ready) per manguare; adesso /mensa/ indica il luogo di una azienda dove si mangia. Il latino /mensula/ indicava una piccola /mensa/, perdendo pero` il significato di /mangiare/ e rimaneva solo il siognificato di tavola+piccolo (-ula e` diminutivo in latino, come -ina in italiano); le mensule dei latini sono le superfici piane che sporgono dai muri con sopra sculture, etc. Per noi adesso /mensola/ e` una piccola tavola che sporge da un muro o parete. Scaffale e` un mobile per libri o altro piu` complesso, fatto di varie parti; puoi anche dire: / la scaffalatura del mio studio e` in noce / scaffalatura : insieme degli scaffali

La mensola è una tavola fissata alla parete. Lo scaffale è un mobile, appoggiato alla parete, formato da vari ripiani.

Secondo il mio modesto parere, si c'è differenza. La mensola può essere benissimo una semplice tavola fissata al muro. Lo scaffale invece è fatto di piu' tavole unite insieme che formano piu' ripiani.