私たちは、二人だけにはなった。だと
私たちは、二人にだけはなった。と言い換えられます。
私たちは、二人だけになった。という文の「~になる」は「に」と「なる」の関係がとても強いので、切り離せない関係ということになります。だから、「私たちは、二人だけになった」という文は、「二人にだけなった」とはならないのです。
但し、「二人にだけなった」という文が、意味をなさない文という意味ではなく、「二人だけになった」という文と同じ意味にはならない、ということです。別の意味になる、ということです。「になる」の「に」と「なる」は、ひとかたまりで意味が限定的になる、引き離せない関係なのでしょう。