You can say either ....
1. "저는 ....보다 ....이/가 더 좋아요" or
2. "저는 ....보다 ....을/를 더 좋아해요".
e.g.
1. I prefer cake more than chocolate.
= 저는 [초콜렛]보다 [케이크]를 더 좋아해요.
= 저는 [초콜렛]보다 [케이크]가 더 좋아요.
2. I prefer coffee more than tea?
= 저는 [차]보다 [커피]를 더 좋아해요.
= 저는 [차]보다 [커피]가 더 좋아요.
3.What do you prefer?
= 어떤것을 더 좋아해요?
\^o^/