Acredito que ambas as formas sejam aceitas na forma culta. No entanto, o uso do verbo "era", nesse caso gera um incoerência temporal, uma vez que o "ele" não deixou de ser mal educado após a pergunta. Dessa forma, o uso do termo "fosse" acaba sendo mais elegível uma vez que demonstra o real sentido da pergunta e evidencia que "ele" continua sendi mal educado. Espero ter ajudado. Bom final de semana.

Extamente. Tem o mesmo sentido de "costumava"

Ah , entendi , então dizer "Achei que você era mais educado." é o mesmo que dizer "Achei que você costumava ser mais educado" , certo?

É uma boa pergunta. "Eu achei que você fosse mais educado", é referente a aluam coisa que acabou de acontecer. Por exemplo, alguém acabou de lhe xingar, você poderia responder isso. Nesse caso, você atualmente acha a pessoa mal educada. "Eu achei que você era mais educado", é referente ao passado. Por exemplo, você viu um vídeo de uma criança falado palavrão, mas essa criança agora já é adulta. Nesse caso você poderia dizer para essa pessoa "achei que você era mais educado" Contudo, algumas pessoas também usariam "...era mais educada..." para o primeiro exemplo. Está errado, apesar de falado dessa forma por alguns nativos em português. Espero ter ajudado.