Да, отличается.
Если разлил то по столу: Я разлил молоко по столу. Специально, хотел разлить и сделал. Или: Молоко разлилось по столу. Тогда более нейтрально, но все равно присутствует нарочитость.
Я пролил молоко на стол. - Более употребительная форма, указывает на нечаянность действия, как бы не хотел, просто так получилось.