Ambos "how you doing?" (sin "are") y "how do you doing" son gramaticalmente incorrectos y como eres hablante no nativo, se asumirá que te equivocas porque no sabes nada mejor. En este caso, recomiendo que intentes decirlo correctamente. Todo lo que tienes que hacer es añadir un sonido "r" al final de "how": "How're you doing?" (pronunciado como "hau-r ya doing"). Soñarás como hablante nativo Y será gramaticalmente correcto. ;-)