Sí, ambos expresan lo mismo.

Same

Gracias Guillermo, me has proporcionado con una respuesta más concisa.

Las dos frases son gramaticalmente correctas y tienen un significado similar. Sin embargo, solo la frase "ellos fueron transportados en autobús" se corresponde a la voz pasiva. Si usamos la frase con la voz pasiva es porque queremos dar más importancia a "ellos", a las personas que fueron transportadas. Si usamos la frase "se les transportó en autobús", es porque queremos dar más importancia a la acción de transportar. De todas formas, si yo tuviera que elegir, usaría la frase "se les transportó en autobús" porque el uso de la voz pasiva en español no es tan frecuente como en inglés.