I'm afraid that none of those are correct. The only natural way to say this is "Apples are my favourite fruit". That is what a native speaker would say.

My favorite fruit is apple.

谢谢你提这个问题啊！让我学会了母语者怎么说这句话。Apples are my favorite fruit. 我觉得你下面的回复可以看出来你关心的apple到底要不要用复数。但我觉得母语者最自然的说法对我们来说才最重要。 apple是什么名词？其实并没那么容易回答，中国人可能毫不犹豫的回答是可数名词。好，那么请问，把苹果切成几片，每一片，还是不是苹果？但它是不是an apple？当然不是，an apple是一个苹果，一片苹果是苹果但不是一个苹果，而apple如果你当成可数名词，它指的就是一个苹果，所以一块苹果要说成a piece of apple。如果你说成a piece of an apple那就成了某一个具体的苹果的一块，却不是我们要说任意的被切开的苹果。因此，a piece of apple中的apple其实就是不可数名词，也就是这时的apple是一个相对抽象的概念。 apples可以指具象的苹果的总合，所以前面不能再加the，如果说成the apples 就成了特指一些具体的苹果，而无法再表示苹果的整体。要说成Apples are my favorite fruit. 当然，也可以说成The apple is my favorite fruit.但是，the apple有两个意思，一个是这或那个苹果，一个特指的苹果，但因为，apple是可以做抽象名词的，所以一个抽象名词加the可以用来类指，这是它的第二个意思，指苹果这类水果。所以，可以说成The apple is my favorite fruit。但我觉得不如果第一个好，apples are my favorite fruit. 最后，因为不是there be句型，因此，be的选择是和主语的数一致，因此，my favorite fruit 后面只能是is，was，至于表语部分是an apple还是apples是不影响be动词的选择的。

HI Young friend! :) I'd say: The apple is my favorite fruit. Apples are my favorite fruit.

Yeah, but if it's singular, why there is "apples" following which is a plural?