「あいつはあいつで」- так говорят, например, когда кто-то не понимает или н старается понять чьи-то мнение и поведения. В данном случае можно переводить так : Он и думает, даже если тебе так не кажется.
"さ" - можно без этого. Но эта частица звучит немного сухо, и здесь придает тонкий нюанс легкого недоверия или критики к собеседнику.
「あいつはあいつでちゃんと考えている」 = Он и думает, даже если тебе так не кажется.
「あいつはあいつでちゃんと考えているさ」= Ты же не понимаешь, но он и думает как следует.