Efectivamente, debes conjugarlo en el tiempo correspondiente: Ayer hizo tres años desde la muerte de mi padre. No lo veía desde hacía tres años. Hace tres años que no lo veo. Mañana hará tres años que se marchó.

Con "desde hace/hace ... que" etc. la dificultad es para mi que en alemán e inglés la traducción no utiliza un verbo que se podría conjugar. Y las lecciones que introducen estas expresiones nunca mencionan frases en el pasado u otros tiempos, sólo explican la diferencia entre "desde" (momento), "desde hace" (espacio de tiempo), "hace" y "hace ... que". Por eso yo aprendí estas expresiones no como formas usando el verbo "hacer" pero simplemente como expresiones temporales invariables. Ahora sé que malentendí y espero mejorarme y conjugar "hacer" en estas expresiones.

Generalmente en una narración respetas una conjugación homogénea, considerando el tiempo desde el que construyes el texto, y a veces combinas las conjugaciones para enfatizar el sentido de una frase con relación a lo que quieres decir. No sólo en esta situación sino en todas. Hay un par de textos de Heinz -él está en mis contactos- que es muy ilustrativo con relación a esto. He observado, sólo en México que, regularmente, usamos un lenguaje para escribir y otro para hablar. al hablar somos muy complejos en el manejo de la lengua, al escribir respetamos un tono más formal. Por ejemplo al hablar casi no usamos la conjugación del verbo en futuro al hablar de algo que sucederá sustituimos esa conjugación con el uso del verbo ir, pero al escribir usamos la conjugación de futuro para referir lo que sucederá.