arrodillarse - es la acción de hacerlo en un momento determinado ( la gente en la iglesia se arrodilla antes el sacerdote. estar de rodillas - la acción ya ha acabado ( la gente está de rodillas en la iglesia ahora mismo )

"Estar arrodillado" y "estar de rodillas" se usan por igual, de igual manera que "arrodillarse" y "ponerse de rodillas" se usan también indistintamente, solo dependiendo de lo que te apetezca en cada momento. Ejemplos: La gente en la iglesia se arrodilla ante el sacerdote. La gente en la iglesia se pone de rodillas ante el sacerdote. La gente está de rodillas en la iglesia. La gente está arodillada en la iglesia. Hay otra forma más culta, usada más en la Literatura en general: Entonces Pablo cayó de rodillas ante el altar. Ella se hincó de hinojos ante la imagen de la Virgen. Espero que te ayude, Plsdeluno. ¡Un saludo!

Mientras que la respuesta de Joseph Ríos es correcta, ambas expresiones son iguales en tu caso. Quiero decir, mientras que arrodillarse es una acción y estar de rodillas un "estado", "estar de rodillas" es lo mismo que "estar arrodillado" (no arrodillando) -luego de que la acción fue realizada-