La diferencia entre "llevar" y "llevarse" es muy leve. Los verbos reflexivos generalmente hacen poner atención en quien recae y/o en quien realiza la acción dependiendo la oración. En el caso de llevar/llevarse ambos hablan de algo transportado de un lugar a otro, solo que llevarse pone énfasis en que una persona específica lo hizo.
En el ejemplo que planteas, si dices "alguien se llevó nuestros pasaportes" se entiende cierto nivel de urgencia y que un desconocido quizás ha robado tus pasaportes, mientras que "alguien llevó nuestros pasaportes", al no poner mayor énfasis en quien los tomó, no da la sensación de urgencia que produce un robo y, por lo tanto, da a entender que simplemente alguien los llevó por ti. Ahora, esto es relativo al contexto y al tono con que se diga.
¡Alguien se llevó nuestros pasaportes! (mayor énfasis, sensación de urgencia, posible robo)
Alguien llevó nuestros pasaportes. (menor énfasis, desconocimiento de quien los llevó por ti)