Sim, pode. O verbo "beber" se refere especificamente ao ato de beber algo, -to drink. Since "tomar" can also mean "to take something", I'd stick with "beber" to not get confused. If you are already quite confortable speaking the language--which you seem to be- than you can use both.

E, se tu vier aqui pra Bahia, poderá até mesmo COMER ÁGUA, se quiser. ;) Mas, pera... como é possível COMER água?! Oxe, fica retado não. Bora ali tomar umas que, após três breja, tu num se importa mais com a lógica. ;)

Também é muito comum a seguinte frase: "Tomar uma".

Pode sim. Qualquer que seja a bebida, você pode usar "tomar". Exemplo: Tomar café, tomar chá, tomar refrigerante, tomar suco da fruta, etc.

Oi! Pode sim, é mais informal, mas super comum :)