Lo que quiere decir es que él no sabe bailar, cosa que "choca con su cultura" (por cierto, asumiendo la validez del estereotipo de que los latinos y/o gentes del sur de Europa saben bailar o cantar o tienen buen ritmo por naturaleza o crianza etc.). Por ende el necesita la ayuda de su novia, porque "no lo tengo en las venas" - aquí, "lo" seguramente se refiere a "ritmo" o "habilidad de bailar o movimiento rítmico." Como no lo tiene, no puede controlar su cintura (al bailar).

Hola Wanda: Acabo de ver el video de la canción que mencionas, no la conocía. Mi interpretación de "mi cintura choca con mi cultura" es, según el resto de la letra de toda la canción y lo que se muestra en el vídeo, que el controlar el movimiento de su cintura no es algo que el chico pueda hacer porque en su cultura no se mueve tanto la cintura y en su cultura se confía en la razón o al análisis para aprender a hacer algo. En otras partes de la letra él dice que el movimiento de la cintura es algo que algunos llevan en la sangre (como los chicos que salen bailando en el vídeo) y que él siente que se puede lograr olvidándose de intentar hacerlo bien racionalmente, hay que dejarse llevar, más bien sentirlo. Me ha salido un poco poética la interpretación creo ... :)