On utilise rarement "pardonner". Je ne sais pas pourquoi.
Apparemment, il est plus facile de s'excuser que de demander pardon.
Le sens du mot "Pardonner" est plus fort et on l'utilise, généralement, quand la situation l'exige.
Les exemple de William sont clairs: "Excuse moi pour les fautes (je suis fatigué aujourd'hui)". Ce n'est pas vraiment grave. Alors que "Pardonne moi de ne pas avoir pensé à ton cadeau", c'est plus grave (surtout si c'est ta copine!).