En realidad, "agua" originalmente es una palabra femenina, pero si dices "la agua" hay un problema en cuanto al sonido ya que se juntan dos "a", por eso se cambia a "el".
Esta regla se aplica solo a las palabras que empiezan con el sonido "a" y tienen la fuerza de voz en esta letra. Por ejemplo: Á- gui- la, HA-cha. En el caso de "amiga" no se aplica la regla porque la fuerza de voz está en la MI (a- MI- ga)
Bueno, regresando al tema.
No se dice "la agua" (existe la regla) se cambia por "el agua", pero recuerda que originalmente la palabra agua es femenina, así que si la usas en plural no hay ningún problema con el sonido. "Las aguas del mar. Lo mismo sucede si usas el determinante Este, esta, estos, estas. "Estas aguas" es correcto.
Veamos estos ejemplo:
- el águila: las águilas
- el hacha: las hachas
- el agua: las aguas
Espero que te sirva la información.