Las dos versiones son correctas, pero la segunda frase en cada ejemplo es mejor. Por lo general, les digo a mis estudiantes que el "was/were - ing" se incluye en las terminaciones aba/ía, así que no es necesario usar "estar".

Es más común utilizar la segunda forma en ambas frases, es más córta y cómoda, pero ambas con totalmente correctas y el significado de las frases es idéntico. Luego en la respuesta también puedes utilizar cualquiera de las dos formas: ¿Qué hacias cuando empezó a llover? Estaba haciendo la comida. ¿Qué estabas haciendo cuando empezó a llover? hacía la comida. Si necesitas más ayuda puedes añadirme a tus contactos y estaré en cantado en ayudarte. Un saludo.

Todas son correctas!

Las dos opciones son correctas y no hay ninguna mejor que la otra. Both options are right. There's no option better than the other one

Sí, todas las preguntas son correctas.