Personalmente creo que no se puede decir "con lo inteligente que seas". No tiene mucho sentido esa frase y nunca se utiliza de esa forma. 1. Con lo inteligente que eres.... 2. Por muy inteligente que seas... 3. Aunque seas muy inteligente.... Yo utilizaría la 2 y 3 de forma intercambiable, dependiendo del momento supongo, pero significan lo mismo. Pero la número 1 se utiliza para otro tipo de situaciones, sobretodo cuando una acción de una persona te sorprende, porqué no te lo esperabas de esa persona en concreto: Con lo inteligente que eres y fallas esa pregunta. Con lo inteligente que eres y eres del Real Madrid. .... La frase "Cierra tu puta boca! Con lo inteligente que seas, no eres tan inteligente.", tendría sentido si fuera algo así: ´Cierra tu puta boca! Aunque te creas inteligente, no lo eres.´

El subjuntivo es un modo verbal que en español presenta grandes problemas, incluso a los propios nativos. El subjuntivo se emplea para situaciones hipotéticas o posibles. En tu oración "aunque seas inteligente" deduzco que eres inteligente porque actuas como si lo fueras aunque no puedo asegurarlo completamente. Sin embargo, "con lo inteligente que seas" no tiene sentido. Debo decir "con lo inteligente que eres" porque es algo que afirmo y puedo comprobar. No te preocupes por el subjuntivo hay que irlo aprendiendo poco a poco y con la práctica. Un saludo y ánimo.

la serie se llama True Detective :) http://www.seriales.us/capitulo/true-detective/1x01/

¿Cómo se llama la serie? Me gusta mucho las telenovelas para aprender la lengua coloquial. Ojalá que nadie no te haya dicho esa frase.