Depende: si es pregunta o si es afirmación.
Si es pregunta, es fácil: "¿Cómo sabrás....? pregunta por el futuro conocimiento de algo/ ¿Cómo sabes....? pregunta sobre el actual conocimiento de algo.
Si es afirmación, son casi sinónimos. Al usar el presente, creemos que lo sabe seguro (como sabes, Londres es la capital del Reino Unido). Al usar el futuro, hay un elemento de duda, no estoy seguro de que lo sepas (Como sabrás, Bakú es la capital de Azerbaiyán). A veces usamos este futuro como ironía...no lo sabes y yo sí.