「わざわざすみませんでした」は、「わざわざ」と「すみませんでした」の間に、省略された言葉があります。 たとえば、あなたが遠くから訪ねてきてくれた場合は、「わざわざ（遠くから来ていただいて、あなたに迷惑をかけて）すみませんでした」という意味を省略してものです。 あるいは、あなたが何かを持ってきてくれた場合、「わざわざ（これを持ってきてくださって、あなたにお手数をかけて）すみませんでした」という意味です。 つまり、「わざわざ」には、相手がしてくれた行為を高く評価している、という感情が表現されています。「あなたがしてくれた行為（労苦、心遣い、親切）に私は気付いている」という意思表示になり、単に「すみませんでした」というより、少し感情がこもった感じがします。 「わざわざありがとうございます」なども同じです。