In different context, both of these words have different meaning.what's the context?

书记多指政府官员，而秘书则是经理的文书助理之类的0.0

书记：原指负责文件纪录或负责缮写的人员，但在一些政党和政党型社团中，是主持日常事务的领导人。社会主义政党的最高领导人一般称“总书记”或“第一书记”。在中国，由于执政党是中国共产党。所以各级领导占最主要的地位。譬如：一个市的书记和这个市的市长相比较，书记的权力更大。 秘书：是领导者、主事者身边的综合辅助工作人员和公务服务人员。他们以辅助决策，综合协调，沟通信息，办文、办会、办事等为主要职能，是领导者、主事者的参谋和助手。 希望对你有所帮助

书记一般是 party 的某一层级的 leader。 秘书是 leader 的assitant，这个 leader 可以是party的，也可以是政府的、企业的。

书记 works in the court of law. the English is Chief Secretary. 秘書 is a secretary in general.