"Como te sientes?" in English is like a How do you feel? when someone is sick. "Como estas?" is like a How are you? and we use it when you meet someone or as a introduction or hello "Que es?" is like a What is it? and we use it for ask description for an object, action, etc.

Lo normal, en general, es preguntar ¿Cómo estás? ¿Cómo te sientes? expresa un matiz más íntimo y personal. Por ejemplo: - ¿Cómo estás? (nos encontramos en la calle y nos saludamos cortesmente) - ¿Cómo te sientes? (tu novia se ha fugado con tu mejor amigo)

Como te sientes y como estas son preguntas dirigidas a personas para tener información de ellas mismas(muy bien explicado por Sebastian) Qué es? se utiliza para que la persona te dé explicación de un objeto.