Ambas oraciones significan lo mismo. No hay diferencia. Los pronombres personales, reflexivos o de objeto directo se puede utilizar luego de un verbo infinitivo, gerundio e imperativo afirmativo como sufijo, o antes de cualquier otro tipo de verbo. En este caso se pueden utilizar ambas opciones porque tienes dos verbos: - Está = Presente - Maquillando = Gerundio Por lo tanto, puedes usar el pronombre "se" antes de "está" o luego de "maquillando".

Ella está maquillándose. - She's putting on makeup. Ella se está maquillando. - She is making up (her face).

Significan exactamente lo mismo Gerry :) tienen un orden diferente pero el significado no varía.