Esa expresión es muy común en España. Equivale a decir "me da igual" o "no me importa". Hay más expresiones coloquiales con el mismo significado, como pueden ser: me importa un pimiento, me importa un rábano, me importa un pito, me importa un bledo.
En realidad, el comino es una planta típica mediterránea. Sus semillas son muy pequeñas y se suelen utilizar mucho para condimentar los alimentos. Al ser un producto abundante y barato, se compara con cosas de poco valor.