Hola. De la manera que yo interpreto esta frase sin contexto es que había una libreta para tomar apuntes en la mesa. Puede ser un cuaderno pequeño o algo así. El punto es que holgazanear en este contexto significa que simplemente estaba en el escritorio. Las cosas no pueden moverse por si solas por eso creo yo que el escritor uso esa palabra.

Creo que la elección de la palabra holgazanear en este contexto es desafortunada. Quizá se justifique por una intención más o menos poética. Holgazanear significa procrastinar, no hacer nada, perder el tiempo... Holgazán es sinónimo de perezoso, vago. En cualquier caso, NO significa que parece nuevo, sin estrenar (creo que es eso lo que has interpretado). La palabra no es exactamente coloquial, pero no es una palabra rara.

Bueno, es algo literario, "holgazaneaba" aquí solo significa que el anotador estaba sobre el escritorio sin ser usado, sin "trabajar".