Son sinónimos y se utilizan casi en su totalidad en los mismos contextos. Pudiera tener una diferencia por ejemplo en estos casos; reemplazar es quitar algo y colocar otro en su lugar. ejemplo; reemplazaré mi lapto por una mejor.
Reponer, se usa en el caso de que algo se perdió y se repone algo en su lugar.
Otro ejemplo; Perdí mi dinero, debo reponerlo cuanto antes. (en este caso, no puedo reemplazar el dinero, porque lo perdí, pero lo puedo reponer)