Aparecerse significa llegar a un sitio ejemplo: el se apareció hoy en el hospital ( el fue hoy al hospital) denotando que llegó por sus propios medios. En cambio la palabra aparecer significa que "fue hallado" ejemplo: el apareció hoy en el hospital (el fue hallado hoy en el hospital), aunque muchas veces se pueden usar con el mismo significado, es decir, a veces aparecer y aparecerse pueden intercambiarse y va depender del contexto.

La forma reflexiva subraya que su aparición fue por su propia voluntad, decisión, y responsabilidad, y no sólo casual. En este contexto, creo que el narrador está echándole la culpa a Jonathan por llegar tarde.