とても面白い質問だと思います。
私は専門の研究者ではなく、本やインターネットなどで手に入れた知識で解答したいと思います。
アイヌ語は北海道に元々住んでいたアイヌ民族の言語です。アイヌ語は文字を持たない言語であり、研究が難しくためその言葉がどこからきたのかはわかっていないようです。そのため、カムイと神が似ているのは偶然だという可能性もあります。
一方で、昔からアイヌ民族が日本語を話す人とコミュニケーションを取るにつれて、日本語に近いアイヌ語の言葉が生まれたことも分かっています。(例、メノコ=女)。そう考えると、もしかしたら大昔にアイヌ民族と日本語話者が交流していくにつれて、気がついたらカムイという言葉が生まれていた、という可能性も否定できないのではないでしょうか。