No conocía esa frase, pero buscando en internet, lo de la "docena del fraile" viene de una historia en que un fraile engaña a una vendedora diciéndole que quería una docena de huevos (12 huevos), pero se los pide así:
"Quiero una docena de huevos, pero como son para distintas personas, me los vas a poner por separado. Para el abad me pones media docena (6); para el padre tornero un tercio de docena (4); y para mí, sólo, un cuarto de docena (3)."
En total se lleva 13 pero solo paga 12.
De ahí que se usa esa frase en los casos de que las cuentas esten erróneas o se esté tratando de hacer un engaño.
La "gata negra" debe referirse a la creencia de que dan "mala suerte".
¡Saludos!