*My Answer is Longer* sorry...
Let's take a look at the sentence. "I have the book that you want." It can be broken into two sentences, I have the book (the main sentence) + You want the book (the sentence describing the book), right?
1. I have the book: 나는 그 책이 있다. (main)
2. You want the book: 너는 그 책을 원한다. (describing the book)
Now, let's combine the two sentences. Because the second sentence describes the book, you need to make it an adjective (-은/는). In Korean, an adjective goes to the front of a noun, so the second sentence goes to the front of the book.
나는 [너는 그 책을 원하다] 그 책이 있다, becomes 나는 [너는 그 책을 원하는] 그 책이 있다
Also, you drop 그 책을 in the second sentence, because it describes the book in the main sentence.
나는 [너는 원하는] 그 책이 있다.
And, the last step. You change the particle of the subject in the second sentence to 가 (Don't ask me why. We just do).
나는 너가 원하는 그 책이 있다.
Does it make sense?
Examples)
I have something you want:
1. I have something: 나는 그것이 있다. (main)
2. You want something: 너는 그것을 원한다. (describing something)
나는 [너는 그것을 원하는] 그것이 있다 becomes 나는 [너는 원하는] 그것이 있다 Therefore, 나는 너가 원하는 그것이 있다 = 나는 너가 원하는 것이 있다.
I have the book you wanted.
1. I have the book: 나는 그 책이 있다.
2. You wanted the book: 너는 그 책을 원했다.
나는 [너는 그책을 원했던] 그 책이 있다, becomes
나는 너가 원했던 그 책이 있다.
I bought the book you wanted.
1. I bought the book: 나는 책을 샀다.
2. You wanted the book: 너는 책을 원했다.
나는 [너는 책을 원했던] 책을 샀다, becomes
나는 너가 원했던 책을 샀다 = 나는 너가 원한 책을 샀다