German doesn't use S+V order. The rule for verbs is: In a main clause, the verb must be in second position; all other verbs (infinitives, participles, conjugated verb in a subclause) are stacked in reverse order at the end. The rule for "nicht" (and some similar adverbs) is: You put in them in front of the part of the sentence that is negated (or otherwise modified). However, you can't put it in front of a verb in a main clause, because this would collide with the first rule. So as an exception, if there's no good place to put it, you can put "nicht" at the end. If the verb is divisible (trennbares Verb), you can always put it in front of the prefix at the end instead.
Examples:
Ich stehe heute früh auf.
Heute stehe ich früh auf.
Ich stehe heute nicht auf. (Today, I don't get up (at all))
Heute stehe ich nicht auf.
Ich stehe heute nicht gern auf. (I don't like to get up, but I'll do it. "Gern" is negated).
Ich stehe heute nicht früh auf. (I'll get up today, but not early. "Früh" is negated).
Ich stehe heute früh nicht auf. (This early today, I won't get up. "Aufstehen" is negated)
..., weil ich heute früh nicht aufstehe (Subclause, "aufstehen" is negated)
..., weil ich heute nicht früh aufstehe (Subclause, "früh" is negated).
Untrennbares Verb:
Ich schlafe heute nicht.
Etc.