¡Hola Dimitris!
En este contexto las dos expresiones son casi equivalentes:
"Debo rogarles que me pregunten de uno en uno, por favor".
(Quiero que me pregunten por orden, es decir, no todos a la vez)
"Debo rogarles que me pregunten uno a uno, por favor".
(Puede significar lo mismo que "de uno en uno", pero también implica la idea de que van a preguntar todos los miembros de un grupo, es decir "cada uno y por orden".
Ejemplos:
"Quiero que me lo expliqueis de uno en uno. (No quiero que me habléis todos a la vez)
"Quiero que me lo expliqueis uno a uno: (Quiero que todos me lo expliqueis por orden)
También puedes usar la expresión "uno detrás de otro" para "de uno en uno".
Espero haberte ayudado.
Rafael.