1. 니 마음을 언짢게 해서 미안해.
'니' is a nonstandard spelling, seen mostly in bad writings and poor song lyrics.
'네' and '너의' are the correct possessive pronouns for the second person.
2. 넌 나에게 너무 못되게 굴었어. 화가나도, 나에게 그러면 안돼. (화가나도 -> 화가 나도, 안돼 -> 안 돼)
나에게 is fine, but nowadays its short form 내게 is more common and sounds more natural.
3. 우리에게는 넘을 수 없는 경계선이 있어. Good.
4. ...대화 하자. 그게 우리 맞은 방법이잖아.
"맞은" is wrong. 맞다 is a verb, so its present tense adjectival form is 맞는.
"..." seems unnecessary here.
I would write it like "대화하자. 그게 우리한테 맞는 방법이잖아?", "그게 우리가 해야 할 일이잖아", or "그게 우리에게 최선의 길이야", etc.