"He has been found" - the Present Perfect Passive - Его только что нашли.
"He was found" - Его нашли (когда-то в прошлом)
"He had been found" - Его нашли до того, как совершилось еще одно действие в прошлом.
He had been found before we arrived. - Его нашли до того, как мы прибыли.