助詞はとても複雑なので、とてもここだけでは説明仕切れませんが、ニュアンスが違います。(文法的にはどちらも正しいです)
昼ご飯を 食べました → 昼ご飯を食べたが他のこと(例えば朝ご飯や夜ご飯)については何も言及していない
昼ご飯は 食べました → 昼ご飯に限って言えば食べた、昼ご飯だけは食べた
例えば
A 「昼休みは何をしましたか?」 B「昼ご飯を食べました。」
A 「今日はきちんと朝ご飯を食べましたか?」 B「いいえ・・・でも昼ご飯は食べました。」
水の方も一緒ですね。
A 「喉が渇きませんか?」 B 「大丈夫です。さっき水を飲みました。」
A 「具合が悪くて何も食べられないんですか?」 B 「はい、でも水は飲みました」