Bonjour,
Ce sont des synonymes mais il ne sont pas utilisés dans le même contexte.:
-"Malgré", ou "même si" est utilisé dans ce qu'on appelle le "registre courant" c'est à dire (wikipedia): "C’est le style attendu dans les échanges de type professionnel ou officiel lorsque la communication est impersonnelle et implique une distance entre les interlocuteurs. C'est le langage du professeur à ses élèves, de l’homme politique qui prononce un discours, du présentateur de télévision, du journaliste qui publie un reportage."
- "Cependant" ou "néanmoins" eux sont utilisés dans le "registre soutenu", c'est à dire (toujours wikipedia): "Employé surtout dans la littérature et la rhétorique".