La primera podría sonar incorrecta pero es por falta de contexto, aunque por la respuesta que te dieron sí significa que vivieron ahí 3 años y ya no más.
La importancia del contexto podría cambiar la oración con, por ejemplo: "Vivimos aquí desde hace 3 años", que es completamente igual a "Llevamos 3 años viviendo aquí".
Creo que sería más correcto decir "Estuvimos viviendo 3 años aquí", en lugar de "Vivimos aquí 3 años". Pero al final es como quieras decirlo.
Sad