La forma correcta es "parece que fue ayer", tiene un carácter comparativo, puesto que está relacionando el presente con un pasado; fíjate en esta expresión: "parece que fue ayer cuando nació y ya tiene quince años". Usamos "fue", pretérito perfecto simple, porque indica una acción acabada en un pasado, sin proyección en el presente; mientras que "era", imperfecto de indicativo, indica una acción pasada pero que está inacabada con respecto al presente.