....один из семи холмов, на которЫХ стоит Москва.
Слово "который" тут во множественном числе. Поэтому в этом предложении говорится, что Москва стоит на семи холмах.
Если бы было вот так: "....один из семи холмов, на которОМ стоит Москва", то тогда бы тут говорилось о том, что Москва стоит на одном холме (одном из семи).